土地证和房屋的归属

我叔叔和我家相邻三间平房，1992年他在别处审批了一块地皮将三间平房拆走在新审批的地基上建了新房，与我家相邻的地基为空地，1999年在征得我叔叔的同意后我家在他原有的空地基上建了三间平房〔他家地基有土地使用证，2007年他们给我爸妈所有过户要用的证件同意将该地基的土地使用证过户给在我弟弟名下，只是他们没有签字说什么自家人没事的〕2009年十月，我娘娘向法院起诉，说他们没有签字土地证怎么过户了将我弟弟告上法庭，并把土地局列了第三人。法院判决《国有土地使用权转让合同》无效。现在土地局给我家发了个通知说什么是报区人民政府批准要把我弟弟的土地证作废。请问；他家的地基空闲7年之久我家再做房也是经我叔叔同意的〔我叔叔已过世〕而且十几年相安无事。拆他家房子做我家房子都有证人，这几个人都到庭作证了，法官没采纳。他家还有土地使用权吗，我家可以打确定房产的官司吗，土地局还能把土地使用证归还到我叔叔的名下吗？谢谢