北京户口违约金问题

各位律师，您好。我是2010年毕业的研究生。与北京一家国企单位签订了5年劳动合同和补充协议。3万的违约金就是正式劳动合同以外的补充协议里约定的。我的劳动合同就是正常的合同，是在入职时签订的，没有涉及到培训或其他条款或经济补充等任何东西。就是当时在北京接受户口指标报送截止时间前，而那时我也已入职数月，已经没时间再联系其他单位的时候，公司提出要签补充协议，此补充协议签署了才给办理北京户口，其中包含如果违约须缴纳违约金3万，我不得不签订了补充协议。约定如果五年内辞职须支付3万违约金。现在满2年了，我发现自己不适应这个行业，所以决定离职。但公司让我交3万违约金。如果不交的话，公司会扣押我的户口卡么，而且公司告知如果我不交违约金，要给我档案中添加违约等不良记录。我应如何应对？公司的补充协议是否有效？我需要赔偿3万违约金么？希望得到各位专业的回答，我的QQ各位应该能看到的。