爷爷再婚后的财产矛盾

尊敬的律师先生：
爷爷大约2007年和X领了结婚证。因为一些家庭矛盾，爷爷和X搬出去租房子住。现在爷爷年纪大了，想回家来住。我们也希望他回来。但是总是担心X的不良目的。
X总是向爷爷要房子要钱，爷爷说离婚，X就要爷爷赔他20万，X还经常说谎，告诉爷爷我父母又买了很多房子。其实没有买。X还要求爷爷写清家里房子的具体归属，但爷爷不愿意写。
现在我和父母所住的房子，是父母结婚时，爷爷与父母共同出资建成，具体份额我不清楚。我们所住的房子（城市里的平房）现在也没有房产证，只有土地使用证，名字是父亲的。现在好像房产证很难办。
爷爷与X已经结婚，婚前没有什么协议。不想让X得逞，X自家有很多房子，她想留更多给她的家人。
请问我们应该怎么做，补办房产证？补签协议（都需要谁来参与？估计X不会愿意的）？
谢谢！