企业可不可以给不是劳动关系的承包方考勤按迟到矿工的处罚罚款

我在天天快递承包了一块区域经营此业务，当时就只是签订了一份承包协议，协议注明甲乙方不构成劳动关系。但现公司未经协商设置了考勤制度，将我方承包区与公司普通业务员纳入同样的考勤制度，是否合法，我可以不承认此项罚款吗？ 另外如果我承认了此项罚款，然后申请劳动仲裁要求公司为我追缴社保可行吗？？
  还有我收发的快递有8件水果，因到了收件人手里坏了，收件人邮政投诉赔偿后公司要求我承担全责。合同上有一项为：若乙方的快件在甲方网络上运输或派送过程中发生遗留或损坏由甲方（天天快递）按内部规定，指令有关责任单位给与赔偿，遗留问题由乙方解决。此项可以作为拒绝赔偿的理由吗？而且公司对此事完全没有做任何事，没有去调查责任该谁的。就将责任全部推到我身上。