请问设计院设计缺陷导致总包商损失的问题

只要是双方自愿签订且没有违法情形就是有效的。

有合同约定的，应当按照合同约定处理，只要合同是双方自愿签订的，没有违法内容就是合法有效的。
根据你的描述，上述约定不违法，你公司既然有损失，只能以设计费为上限主张赔偿。有约定的从约定。 
当然，如果你方实际经济损失远远高于设计费用，那么你也可以要求适当增加赔偿数额，法律上也是支持的，不过支持的幅度在司法实践中一般不会很大，毕竟当初这样的条款也是你自愿签订的，自愿放弃了相关权利。
建议协商解决,协商不成可以起诉,也可以委托律师代为诉讼。 
起诉需要到被告所在地法院，通常是户籍地或经常居住地（居住一年以上）法院。
当然，具体情况和最终处理方式，还需要根据案件详情和证据情况等来确定。如果你有需要可以拨打我的电话，为你进行免费咨询，以便根据本案细节做出更准确的解答。

您好，合同约定有效，有约定按照约定办理

自愿签订的可以，但能证明格式条款的除外