90多万的煤款，甲方因为说媒的质量有问题，只给50余万，且私下里签订了个协议，如何将余下的煤款要回来

甲方：某医院；乙方：某煤炭公司。
自2006年至2011年，乙方每年为甲方提供冬季取暖用煤，共计90余万元。而且每年的煤都有由质量技术监督局出具的化验单，均合格。但是，现任院长为了少给钱，就拿煤的质量有问题说事。最后，于11月中旬，被迫与乙方签订了一个协议，说如果不签订协议，这50多万也不给。协议的内容基本上是：甲方承认应付乙方煤款90余万元，但是由于煤的质量有问题，40余万元作为赔偿款，只给50余万元。
请律师帮忙分析，如何将余下的煤款要回来。