离职风波

我是大连海事大学的2011届毕业生，毕业后选择上船，从事远洋行业，毕业时与北京中外运经济技术合作公司签订了就业协议，需要工作海龄60个月，我现在实习期刚结束，但是公司迟迟不派船，在家等待时间超过四个月了已经，打电话过去说还要等到五月份，而且跟我说不一定提职，可能还是实习生再坐一条船，我心里所以我决定不再跑船，想转到路上从事别的工作，但是我想取回我的毕业证还有学位证，都在公司收走了保管着，并且现在要我交五万块钱的违约金，才能让我顺利离职，我在公司工作了两条船，每条船6个月，中间还让我在家等待了6个月，船上平均工资不到2000人民币，在家没有任何工资，我现在感觉十分无奈和不解，为什么会有这么高的违约金，合理不合理，我应该如何才能顺利离职，真心希望能得到好心律师的帮助，如蒙指点，不胜感激。我手机号18940926023，QQ:704782561。