如何计算违约赔偿金额及通过什么部门来解决赔偿问题

无纸质合同，四年后补写了个字据，字据内容是：我是XXX厂职工，企业改制后卖给本厂职工每人一套宅基地，因当时资金困难，与姑父XXX共买，其本人已交了现金肆仟叁佰元（4300元）。特立此据。
第一阶段：2004、2005年的时候交了1.2万元（其中有4300是姑父交来的金额），因关系到职工的社保及买段工龄等问题，当时没有能确定宅基地的总价；按当时的市场行情1.2万也相当于当时的市场价。
第二阶段：直到2012年初，最终定价为13万多，低于市场价（市场价是60万）。
第三阶段：以市场价卖一半给姑父就是30万，姑父觉得价高放弃，但要求我们赔偿他5万元；而且我们觉得合适的赔偿金额为1.3万元，现在是协商不成，想通过法律解决。
   因此想弄明白三个问题：1、如何计算这个赔偿金额？2、如果通过法律是通过法院还是有调解机构？3、第一次付款4300元，与县土管局的成交价13万，市场价60万及二分之一的价格30万，以那个数为标的？