如何出入境限制

我朋友因为牵涉到一桩增值税案件，具体案情如下：
我朋友的老板和关联公司之间的钱款往来，是通过我朋友的银行卡转账的，转账当时我朋友人是在国外的，去年一回国就被警察带走调查，后来办了取保候审一直不能出境。现在护照也拿回来了，取保也取消了，取保取消的原因是本人与此案无关，但是现在还属于被限制出入境状态，打听了一下，说是案子还没结案，需要公安厅厅长级的人签字下发一个什么红头文件，才可以取消限制出入境。

我的问题是：既然最终的结论是与本案无关，为什么还要被限制出入境？
            如果想解除限制，有何办法？办理此事的正常的法律流程是什么？