申请劳动仲裁会减少工资吗？

我在一条高速路桥梁施工队做技术员，因老板在2013年6月份左右被项目部清退出场，已经没有了支付我工资的能力，现在项目部对于机械材料农民工的欠款都支付了，唯独没有支付工人工资。项目部让我们找劳动仲裁，原因是因为我们不是他们公司员工，工资项目部不支付。我也不清楚劳动仲裁的具体事宜，望能详细解释并能告知下如果通过劳动仲裁我每月工资会有改变吗？我还能申请其他补偿不？
以下是我工作的具体事宜，工作时间为2011年2月至2013年4月25日。我是资料员、施工员、与项目部各部门衔接事宜，计量收方，材料收方。可以说工地上一切除了体力活我都干。没有周假月假节假（春节可回），每天看工地上具体施工情况下班，基本时间是早上7点至晚上12点（因每日做资料必须加班）。在2013年我家有突发事件，我不能继续在离家很远的地方工作，2013年4月25日向老板提出了辞职申请。老板已经同意，并保证说工地结束前会提前将我的工资支付。在几个月后因施工队和项目部各方面协议不成功，项目部将施工队清退出场。项目部支付完材料机械农民工欠款问题后说已经超支付了。不再支付我们的工资。
从2013年5月至今一直没有收到欠款。这期间我也没有稳定的时间找其他工作，一直在追讨欠款。过程很痛苦！
还余下79000元。其中还包括我自己的机械欠款，机械是30装载机一台，2011年在工地上，时长为8个月，每月12000元。