签订劳动合同后就业协议还有效用吗？

本人在校期间参加校园招聘与A集团公司签订劳动协议（三方协议），协议中有公司做的附加规定：“协议期限五年，若报到前违约则违约金两千；若安排到具体单位工作后违约，则违约金五千元。考取研究生或公务员，不视为违约。”
2013年7月10日报到，然后被随机分到A集团的子公司B，并与B公司签订劳动合同（此劳动合同正常，无任何违约金规定）。经过一段时间工作实习，发现这份工作不是很适合自己，于2013年10月底提出辞职，我还在试用期内，此时A集团公司以就业协议上其做的额外规定让我缴纳5000元违约金，不然不给档案。
就业协议书上明确有文字说明：“学生到用人单位报到后本协议自动终止”，本人按时到矿业集团报到，已履行就业协议，此协议已无效用。我想请问A集团公司这种做法对吗？