遇到这样的房产纠纷该怎么办?

6年前我家向同一个集体的邻居借了宅基地指标建了一间新房，（因为老房子没拆），集体土地使用证上登记的也是邻居的名字，但从宅基地投标到建好都是我家出资并入住至今（对方没出一分一厘），所有的证件（包括土地规划许可证和土地使用证）也都在我家保存。现在我们两家闹了矛盾，邻居就对外说这间房子是他的。
请问：１、如果对方申请土地使用证遗失补办，我家该采取什么对策。
　　　２、我家可以先去土管所申请异议登记或预告登记吗？
　　　３、如果要起诉，我家先提起诉讼争取主动有利呢还是等着对方起诉法院我家再应诉？
恳切希望专家提些建议！