拆迁问题

律师你好：
     我是在10年3月办理的工商执照，工商局在11年1月以我无能力经营给我注销了（我当时不知道工商局也没有通知我）在11年3月我所经营的房屋动迁时，房屋征收办认定我的营业执照已被注销只能按普通住宅房屋进行补偿。在我知道工商执照被注销之日起我多次找工商局。工商局在12年3月份（在我的房屋拆迁完一年后）给我出个证明，证明工商所未发给原登记申请人个体工商户注销登记决定书，呼兰区利红美术社营业执照自2010年3月18日颁发之日起合法有效。
我拿着证明找到房屋征收办要求从新补尝时。回答是你已和开发公司签订《房屋动迁补偿协议》已是生效的法律合同无法更改。
1请问我怎么能要回我的损失（要求按非住宅房屋进行补偿）。
2像我这种情况有没有诉讼时效。