请问单位如此算加班费和扣钱是否合理

我是合家福后勤员工，我们上班是半天班制度，为2天全天班，2天半天班，每月休息2天，休息的日子自己在全天班的时候自由选择。也就是说一个月上28天班。于是给我们算加班费的时候就按照28天的计算方式，比如五一加班1天，就用上个月工资例如1000除以28，得出一天35.7元工资，那么加一天班是
107.1元。本来我们也没觉得什么，但是后来知道其他部门因为是每周上5天半的班，于是加班费是按照25.5天算的，那么加一天班是117.6元。我们找过说法，给的答复是因为我们每月上28天，别的部门25.5天，工资一样的情况下，每天所得是不一样的。这个我也忍了，但是，最近我开刀请病假，几天发我工资16.42，我彻底生气了，我本来就花钱受罪了，单位还把我工资扣的简直是侮辱性的，我还上了7天班啊。于是我问了，说我扣钱是按25.5天扣的。我很是不明白，而给我答复的人说公司就这么定的。我对这单位心灰意冷，怪我自己没本事，来了这单位，但是我也想知道，他们这样是否符合劳动法，凭什么发加班费了就1000除以28的发给你，扣钱就1000除以25.5的扣你，这样扣的永远比发的多，若是不符合劳动法，请问可以找劳动部门仲裁吗  谢谢