原告同意调解，因钱款比法院判决的少。被告应注意什么问题？

我父亲退休后替一个亲戚管理车队。更换轮胎都在一家轮胎店，开始时现钱，后来改为签单。每次司机换轮胎除了司机签名外还得我父亲签名确认。后来父亲因年事高便不做了。后来因老板（我家那个亲戚）有一部分轮胎钱没给，因为当初的签名里只有我父亲和司机，轮胎店就告了我父亲，其实轮胎店也知道我父亲只是打工而已。而我父亲人较直，只是通知了我家那个亲戚便没再理会，连开庭也没去。结果就法院就判了我父亲偿还，还加了一堆乱七八糟的费用。老板（我家那个亲戚）知道后，和轮胎店协商好了还款。但是，一方面，本来这事与我父亲无关，而现在如果10天内不上诉，就等于认了这笔钱是我父亲的，虽然老板同意拿钱。二、协商好的钱比法院判我父亲的少。到时候让轮胎店写多少钱的收据合适？虽然原告同意撤诉，但是万一以后轮胎店又说这笔钱没法院判的多或者以其它借口又找到我父亲怎么办？所以我想问一下，在还这笔钱的时候，我父亲应该怎么处理合适？