关于房屋动迁中商业用房的认定及时间问题

本人现于中山公园附近有一栋私有建筑面临拆迁。
与拆迁办的主要问题有几点
1.房屋商业或居民用房性质问题
本地址与1998年获得上海市0405工程颁发的经营许可。与2008年获得餐饮业工商营业执照。
现在问题是，动迁办说2001年之后办理的营业执照，房屋算居住用房补贴。他们认为0405工程不算。
但0405工程也是市政府颁发的有效证件，并且只有持有0405证件才能经营，如果没有工商早就来查了。
所以我的疑问
1是0405的证是否能有效的认定房屋为商业用房？
2是2001年之后的办理的营业执照不算商业用房这条是否有效？

第二个争论点再与估价问题
中山公园地块平均房价在35000以上，但是此次估价只有27000元，远低于实际市场价
我们询问当时的评估公司，评估公司所评估标准主要是房屋结构和地段。
那我们的房子本身是钢框架混凝土结构的，理论上和现在的普通商业或居民用房结构式一样的。并且我们持有地方政府批准的房屋改建设计图，上面也明确表明了我们房屋结构。
所以现在问题是，如果要进行复议，如果价格还是不合理的话应该怎么办？