商品房买卖合同问题

我在河北燕郊买了一套房，可是交房时合同约定面积与产权登记面积有差异。面积比合同面积绝对值超过3%。开发商让我们来付清这超额部分。但是合同上写的让我看不明白：
合同中第五条  面积确认及面积差异处理
    根据当事人选择的计价方式，本条规定以建筑面积为依据进行面积确认及面积差处理
    当事人选择按套计价的，不适用本条约定。
    合同约定面积与产权登记面积有差异的，以产权登记面积为准。
    商品房交付后，产权登记面积与合同约定面积发生差异 ，双方同意按第1中方法进行处理：
1  双方自行约定：（1）面积差异绝对值在3%以内的（含3%），以有资质的测绘机构出具的测绘报告为准结算房价（2）面积差异绝对值大于3%，买受人有权选择退房。买受人选择不退房的，双方以有资质的测绘机构出具的 测绘报告为准据实结算房价。
2  双方同意 按以下原则处理：
（1）面积误差比绝对值在3%以内（含 3%）的，据实结算房价款
（2)面积误差比绝对值超出3%是，买受人有权退房。
买受人退房的，出卖人在买受人提出退房之日起30天 内将买受人已付款退还给买受人，并按x利率付给利息
买受人不退房时，产权登记面积大于合同约定面积时，面积误差比在3%以内（含3%）部分的房价款由买受人补足；超出3%部分的房价款由出卖人承担，产权归买受人。产权登记面积小于合同登记面积时，面积误差比绝对值在 3%（含3%）部分的房价款由出卖人返还买受人；绝对值超出3%部分的房价款由出卖人双倍返还买受人。

我现在的情况是，当时交房时，开发商没有出具资质的测绘机构出具 的测绘报告，只是告诉我产权面积大于合同面积，面积差绝对值 大于3%，让我付清这差额。其二，这合同条款第一条是写自行约定，第二条明确写着超出由出卖人承担。这不是自相矛盾吗？请问律师，这到底差额是由买受人承担，还是由出卖人承担 ？还有我对这合同上面的文字比太理解。到底是按照第一条例还是按照第二条例走呢？还说这合同本身就是有问题的？