拿自己的二手车再加27万多，在4s店置换了一台二手车，是否应该签合同？

如题，今天就去换车牌过户了，4s店说没有合同。可我总觉得要把一些问题写清楚，留下书面协议比较妥当。请问我这种情况应该如何在合同中说明：
1，我是拿自己二手车置换（置换价5万5），再加刷卡27万，买了4s店名下的二手车。在购车款一栏中，只需写27万，还是另注明：加上置换旧车（5.5万）。
2，车牌号今天就过户，协议中的卖方车牌号是否写过户前的号（因为今天过户后原车牌号好像就作废了）
3，款项里面有一栏是预付款，和最后付款日之类的，我们都已经付好了，因为合同是补签的，需不需要注明是补签的呢？在哪里注明？
4，10月28号付款当天就买了保险，也交了车船税，但是发现往年拖欠的车船税和滞纳金也一并让我们交了，因为当时没有协议，4s店说应该我们承担，这个如何在今天补充的协议里体现？
5，合同和协议有什么区别？我们应该签哪一种更能保障权益？双方签署后是否应该盖上4s店的公章？
多谢律师们，烦请帮忙！