就业协议在正式合同签订后还有效吗？

我02年大学毕业，与天津市津南区教育局签订了一份就业协议，里面约定在津南区教育系统服务6年，否则交纳违约金1万元。
02年到津南区工作以后，又与学校签订了正式的聘用合同，合同约定违约金5-10万元。当时学校说，签订这份合同后，这份合同就代替了原来的就业协议。
07年12月中旬，我向学校提出辞职，校长向教育局汇报后，很快答复我同意辞职，并从08年元旦开始不再安排我的课程，让我先去找接收单位，再回来办理手续。
现在我找到接收单位，回教育局办手续，教育局说让交违约金1万元。我认为我们属于协议解除合同，不应交违约金。目前未达成一致，教育局不肯给我办正常手续，我的档案和人事关系也转不出来，无法在新单位上保险和公积金。
有人说5-10万元违约金的合同，违约金过高，这条约定应该属于无效的。
那么，最开始与教育局签订的就业协议，现在还有效吗？当时学校说合同代替就业协议，但是合同是和学校签的，协议是和教育局签的，能代替吗？

问题：
1、02年签的就业协议是否还有效？教育局表示同意我辞职是否也代表协议解除不应该再付违约金？
2、教育局和学校同意辞职，但均未提供书面证明，我该用什么来做证据？
3、如果仲裁不能解决这个问题，走诉讼的路，打这个官司大概要多少钱？按什么计算收费标准？