离职后前任公司找各种理由不给提成怎么办？

阐述：问题一：我是做设计的，算的是工资加提成。离开前任公司只发了工资，没发提成。本来说的是去年年底，但是一直拖到现在都没发。上个月去找前任老板（他是挂靠在一个公司名下的），他都答应我了先给一部分（有录音），他没收到钱的先不给。当时我也同意他提出的扣除在那上班期间个人应该交的那部分保险和离职后他帮我交的保险。现在他又反悔了，说是要扣除我在他那上班期间所有的单位和个人应该交的保险，理由是单位交的那部分保险以工资的形式发给我了。以前签合同的时候，合同上没写，他也没给我说过这个问题。而且以前过年拿提成的时候也并没有扣单位应该交的那部分保险。我问过现在还在他那点上班的同事，他们也并没有扣。请问我可以申请仲裁吗？
问题二：提成那个项目的钱，他还没收到。那么他收到钱以后我能拿到提成吗?
问题三：合同我已丢失。当时合同上签的金额比实际发的工资要少，请问我诉讼他的话是否会还给他多余部分？
现有的证据：1、录音。上次他同意扣我个人应交社保和离职后一个月多交的社保钱。
2、他公司给我交的社保购买情况。
3、邮件及聊天记录，证明我替他做过的事情。
4、工资。工资是以他个人的网银转过来的。