有关三方协议和违约金的问题

我是一名应届毕业生，四月份和一家企业签订了三方协议，实习了三个星期，中间跟公司提出过不干了，但是没有解约，之后又想继续干了就又照常上班，但是因为一次有事没跟公司请假，公司说让终止实习，并办理了离职手续。当时经理说离职和解约不是一回事，就是把人打回人力资源部，让等七月份毕业再看分配到哪儿。前几天去单位拿纸质的三方协议，单位不给盖章，说是已经离职不接受我了，但是网上的三方协议并没有解约，说是让交违约金四千（三方协议的补充条款上写的，当时承诺的是转正之后月工资2500）然后再解约。现在公司的借口就是我当初自己提出不干了，所以是我先违约的，必须交违约金，但是我当时并没有解约，并且是他不接受我，想咨询一下这个违约金到底用不用交，现在档案是往单位派遣，如果不交违约金，单位有没有权利扣我的档案？如果毕业之后拿着报到证去单位报到，他能不能不要我？三方协议还有没有法律效力？