房产纠纷，无法办理房产证，望得到帮助！

本人于1994年5月购买了一套B栋4层16号120.41房子，并带有B栋55号杂物间一间，共计129.21平方米。3年以后房子和杂物间都交付使用。但由于开发商的原因，造成本人房子无法办理房屋产权证。后在2009年在政府的协调下，经由法院民事判决本案B栋16号房屋一套及B栋55号杂物间一间的产权由本人所有，并依法补办房屋产权证。
   本人在办理房屋产权证的过程中，经房管部门查阅，发现1994年购买的房子带有的B栋55号杂物间，不知名被修改为C栋55号。并被以C栋55号的名义抵给后期建筑商并办理了房产证。至今无法解决办理，希望得到解答，谢谢。