做老板多家公司工作，工资应该怎么算？

我一朋友在一家挺大民营的建筑公司（总公司在广州）当会计，说说他的事情，并咨询一下有关专家的意见。
该公司老板挺牛的，注册一家具有七八个一级资质而且注册资金上亿的公司如成立一家注册资金一万块钱的公司那么容易，这位老板一共注册了这样的公司十几家。时不时就把这样的公司卖掉，一千万至几千万不等，赚到了很多钱。
该老板有这么多公司后，就在珠三角各个发达地区都成立了分公司，而且都是六七个分公司同时成立。我朋友就在该公司的某一分公司担任会计，要负责所有分公司的账目，搞得他很累。公司多要做的东西就多，东西一多就容易出错，一出错公司就罚款之类的，本来给的工资就相当低的，老板还是倍分刻薄，他就准备辞职。
因为他负责的东西比较多，当会计，当然要审计完毕才能离职，所以审计就搞了几个月，在他离职那段时间，他公司就不发放他工资，说等离职后一起发放。
等审计完毕与离职手续办理完毕后，该公司就赖着不发放他工资。他逼于无奈，去仲裁，仲裁结果，公司应付他的那几个还没发放的工资，但仲裁十五天过后，公司还是没有付款。
现我朋友准备再次起诉公司要求归还他应得工资，并顺便咨询有关专家：我朋友任职多家分公司的会计，签订劳动合只是其中一家公司，并拿的工资只是一家公司等额的工资。是否可以起诉该公司应付多家公司的工资，无胜感谢！并有什么好的意见请指教，感谢！