合同纠纷，请诸位律师赐教

我单位去年一个厂房PVC宣传标语的制作工程，高某作为社会闲散人员，与A公司私下订立了口头工程款提成的协议后（我单位不知情，一直认为高某是A公司员工），代表A公司与我单位签订了制作合同，期间，A公司此项制作工程完工后，高某对我单位声称A公司发票不便开具，B公司是A公司的下属公司，随后，在没有进行任何合同变更手续的情形下，高某又与我单位补签了以B公司名义的制作合同，并开具发票，我单位已将工程款全部支付给B公司。事后，高某携款走人。A公司制作完成后，一直没有收到工程款，以我单位未经A公司许可随意变更合同，未收到工程款为由，与我单位产生纠纷索要工程款，请问我单位应该如何处理。