公司对于病假算旷工，扣押工资(急求)

本人9月16号向公司主管提出辞职(总公司在北京、主管是南京的),9月30号和柜台柜长提出请病假，并和柜长将柜台的事务全部交接清楚并确认签字.
    帮助我们代理交金的公司10月中也已收到公司的辞职手续,主管签字写明是正常离职.
    公司每月17-22号发放上月工资,10月底未收到9月工资,电话到北京总公司他们说没收到我的辞职手续.我再打给主管,主管说她没有收到过我请假的事情,柜长不是领导,也不是老板,请了也没用(公司主管都是外地的,作为一柜之长不是领导是什么?),病假条即使是10月1-16号的日期也没用（她未把病假条上交公司).而且9月底的交接也不算.反正她没收到过我请假就不算,她说事情已向人事部汇报,一切都按公司制度来,并说人事部会给她个满意的答复的。
    后又电话北京公司人事部,她们是收到主管关于这件事情的邮件,我问那现在打算怎么处理?她说我主管说我还没交接,我说9月底就交接好了,然后他们就要我电话给主管,说这是我和主管之间的问题,她们只是等主管她们的答复,她们再办理相关手续发放拖欠工资.
    所以现在主管说等人事部处理结果,人事部说等主管她们处理结果
    请问现在到底该怎么办?如果申请仲裁需要哪些证明?胜算多少?
    非常感谢