95年买的农村房子如何确权？

本人母亲与1995年在上海郊区买了一幢农民房，当时房屋产权经过当地村镇建设管理办同意且和卖家签订了草契，然后凭草契去当地房产交易中心过户，同时也缴纳了契税。现因房屋年久失修想重新翻建，打报告给村委，然而镇建设管理办已宅基地不是我母亲的名字为由拒绝批准，所以我想咨询下这种情况下房子是不是自己的，如何确权？虽然镇里办事人员声称当时宅基地和房屋分割交易是历史遗留问题，但是这问题该如何解决啊？母亲是城镇居民。