身份证被扣怎么办？涉及经济案怎么办？

我的身份证被会计扣了，没有要给的意思。她是这样说的，当初我的公司一个职员拿了公司1万多块钱，现在还没有要回来。那个职员在我手里拿了1000左右，（是公司的钱），本来说还的，后来没出事了，就拉倒了。我是一分钱也没拿，说我贪污，包庇，要把那1万块赖到我身上，可是当时那个职员做账的时候我没有签字，而且同时在1000种跟他们签了500左右的欠条，还口头表述其余的钱她还，但是我知情。现在我该怎么办啊？他们说找不到同事，就告她，那我会不会受到牵连啊，在档案里记一笔啊，我该怎么办？的赔公司多少钱，身份证怎么办？？？请各位帮忙啊？？ 
问题补充：工资还没发，1月中旬才发，我不想白干啊 (我27号满实习一个月，还没签劳动合同，试用期没有合同) 刚给老板打电话，老板居然说要身份证可以，赔钱走人，请各位帮忙？