想请问一下侵占罪

这事比较麻烦。法律规定，合法财产受法律保护。你朋友仿造他人商标和行为同样违法，也可能构成犯罪，也可能会受到追究。但一码是一码，不能说你朋友仿造他人商标进行经营，他受到不法侵害就得不到保护。报警是可以的，公安机关也应当立案侦查，查证后更应当对你朋友的员工做出处理。这就象你打麻将赢了些钱（甚至是偷了些钱），你拿着这些钱在街上又被其他人被人抢去了，不能说你的钱不是合法的收入，法律就放弃对抢你钱人的抢劫行为进行追究。
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你朋友开仿品工厂也涉嫌违法，但员工挪用资金也违法，这是两个不同法律问题。