培训协议和赔偿问题

大学毕业和公司签合同时，公司要求先签了一份培训协议，说是培训期是一年，合同三年，总共是四年。培训协议里要求员工要拿到相关证书才算培训结束，如果在公司工作时间不到4年的话，要赔偿公司培训违约金，金额是{培训费*（合同未履行月数/48个月）}。其中培训费包括请培训讲师费用，出差补助费用（公司性质常年出差在外，收入主要是靠差旅补助，基本工资极低，只有700-800元）等多种。现在的问题是：公司并未给员工进行过系统培训，如请培训师等。从进入公司，公司就派员工直接上项目干活了，员工都是在工作中遇到不懂的问老员工，而且员工从上项目开始就在为公司创造效益了，新员工补助比老员工低，还降低了成本。而且公司屡次在新员工要求考取相关从业资格证书时拒绝为员工报名，导致员工一直未取得证书（公司是故意不给报的，因为取得证书后，公司支付员工的薪水也要涨，提高成本）。员工在公司做了2年左右，由于公司不给报名考证，而且严重拖欠补助（每月只给发800基本工资，员工生活不下去就预支部分补助），有时拖欠几个月至半年多不等，因此员工提出辞职，公司以公司项目人员稀缺为由不予批准。并且在员工辞职走人后，要求员工赔偿培训违约金等，也就是说员工的补助都要退给公司，相当于员工一年只拿每个月800块白给公司干了一年。请问这样的话，员工辞职走人，需要给公司赔付违约金么？公司索要的违约金合法么？（公司所谓的培训协议主要是为了以后员工离职索要巨额赔偿，而且确实存在及其严重的拖欠补助情况，和我同一批的很多员工都遭遇了类似的情况，百度里有过多次关于这家公司拖欠的帖子，该公司在同行业论坛中的信誉也被列为倒数）