关于违约金和档案保管费、档案取得的咨询

您好，我曾在2008年7月与某省纺织工业设计研究院签定就业协议书，从事过工程项目的可行性研究报告、资金申请报告的编制、工程设计，以及院内承担的一些项目研究工作，现离职。该协议书中第六条规定“乙方五年内不准考研或调出，如违反规定，须向院里一次性缴纳培养费一万伍仟元整”，第七条规定“甲方在经济条件允许情况下，为乙方缴纳住房公积金，乙方如在五年内调出或考研，其住房公积金单位缴纳部分不予发给乙方”。2011年11月9日，我离职，并在11月30日迫于人情压力跟院里写了辞职书，同时写了证明一份，该证明中写到根据入职协议书我应缴给单位培养费15000元，扣除我自己缴给单位的住房公积金4200元，还欠单位10800元，且此部分有违法律的内容无效。还有本人档案应于2011.11.30后半年内拿走，超出一个月本人交给单位保管费1000元/月。在我上班期间，单位只为我们缴了一年的社区医保，我离职前刚办理的省医保。请问一是按照法律我的这笔10800元要交给单位吗？二是到了半年期我要求单位把我的档案转到省人才交流中心管理，而单位想扣押我的档案，那我还用交保管费吗？三是按照法律我想拿回自己的档案，该怎么办？烦请指点，深表谢意！