被骗签劳动合同

事情是这样的，我与一家大型软件外包公司签定了劳动合同，但是这家公司欺骗了我们，那家大型软件外包公司又同另外一家小型外包公司签定了合同，把我们的劳动关系转到那家小型外包公司了，并且公积金也是按照工资的一半交的5%。后来这件事情被揭发出来了，那家大型公司就把我们所有人的劳动合同和保密协议都回收回去了，并同意到时候离职的时候给他们一个那家大型公司的离职证明，不影响我们以后的职业发展，但是现在这家大型公司又反悔了，不想给我们开离职证明了，该怎么办？我当时没有把保密协议交出去，只交了劳动合同，请问这份保密协议还能约束那边公司吗？这件事情我们外包到这边公司的职员都可以证明。
    可以申请劳动仲裁吗？能够通过这份保密协议要求公司开离职证明吗？谢谢您！