有国内学者指出，草拟稿最大的问题是没有明确反垄断执法机关，只是笼统地提出一个“国务院反垄断主管机关”的概念，却没有规定这个“主管机关”的组织构成，这关系到反垄断执法机关的权威性，反垄断立法应该竭力争取。另外，该学者认为至少应该在省级建立反垄断执法机关，因为我国市场很大，仅仅有国家反垄断执法机关是不够的。但是，地方反垄断执法机关应该是垂直的，不受地方主义的影响。地方卡特尔由地方反垄断执法机关处理，跨省的案件则由国家反垄断执法机关处理。也有学者指出，虽然反垄断主管机关的问题较为“敏感”，但仍要强调设立一个独立的、有效的、统一的执法机关。我国立法通常不规定主管机关是谁，但反垄断法应表明主管机关的地位有多高，还应规定“独立”行使职权和身份保障的条款，尤其是从身份保障中体现独立性。另外，国务院反垄断主管机关的职权中应该增加“准审判权”和“准检察权”。对于反垄断主管机关的设置，有学者认为首先应明确设立几个机构，然后才应考虑机构的行政级别。该学者建议只设立一个反垄断主管机关。也有学者指出，由于反垄断执法的技术性和专业性较强，草拟稿应对机构的人员组成、任期、权利义务、表决方式等作出具体规定。相对于反垄断主管机关的行政执法，外国专家认为法院也应设立专门负责竞争或反垄断事务的机构，法官则应具备处理此类案件的专业技能。另外，有学者还强调，行政垄断的执法权应交由反垄断主管机关行使。因为《反不正当竞争法》将行政垄断的监督检查权交由上级行政机关行使，由于上级机关“不超脱”，造成执法软弱无力。虽然中央三令五申要打破 “地区封锁”，但地方贸易壁垒依然非常严重。反垄断主管机关的权威性对规制行政垄断至关重要。

　　对于学者们提出的独立的、权威的反垄断主管机关，参与立法的人士在理论上赞成，但提议从实务上考虑目前中国政府机构的设置和行政执法。他指出，政府机构的“三定方案”使各个部门都有相应的职责分工，反垄断法的实施可能还是要在当前的行政框架内各自依据职责来推动。鉴于目前反垄断执法至少涉及商务部、国家工商行政管理局（下设公平交易局及其反垄断处）、国家发展和改革委员会（负责价格管理），他预见将来的反垄断主管机关应该是一个分散的机构。另外他提出，美国的司法部反托拉斯局（Antitrust Division of the Department of Justice，以下简称AD）和联邦贸易委员会（Federal Trade Commission，以下简称FTC）在反垄断执法中是如何分工和协调的？对此，美国专家指出，美国的各个政府机关之间有一个类似于合同的“谅解备忘录”，各个机关在权限重叠的情况下依据它划分各自的职权边界。由于政治和历史原因，美国目前的反托拉斯主管机关包括AD和FTC两个机构，它们之间存在一定的职责重叠。但是，（1）AD代表政府管理反托拉斯和其他事务，FTC则独立于政府，只对国会负责，下设“竞争局”、“消费者权益保护局”和“经济局” （由经济学家组成，负责向竞争局提供咨询）三个部门，其中竞争局由法学家组成，主管反托拉斯执法；（2）AD享有提起反托拉斯民事诉讼（主要是属于“合理原则”的案件，作为原告）和刑事诉讼（主要是属于“本身违法原则”的案件，作为检察官）的职权，在调查反托拉斯案件时可以获得其他部门的协助（特别是联邦调查局的特殊技术支持），而FTC主要适用行政程序，并且内设听证程序；（3）AD不享有独立的审理裁决权，而FTC可以由行政法官作出判决，并且只有在行政法官作出判决后才能向联邦法院上诉，通常情况下联邦法院会支持行政法官的判决；（4）AD主要管辖“横向的”案件，FTC主要管辖“纵向的”案件。尤其对于“事前申报”，AD与FTC的竞争局之间存在权限交叉，往往通过一个非正式的“联络办公室”来划分各自的案件管辖范围，出现争执时就由各自的上级机关来协调。一般而言，这两个机构是依据传统的行业划分来确定各自的管辖范围，职业律师通常都能预见，但对于交叉领域的案件由谁来管辖就不得而知了。如果各州的法律中有创设垄断的内容，依据“州政府行为原则”必须进行修改，否则反托拉斯执法机关可以介入，私人也可以对此提起诉讼。某些具有专业性、技术性和权威性的行业主管机构，既有权单独进行反托拉斯调查，也可以协同AD或FTC进行反托拉斯调查，它们之间的良好协作至关重要。他还表示，单一的反托拉斯执法机关在理论上更加合适，如果能够重写美国历史，他希望建立单一的反托拉斯执法机关。日本专家指出，日本的公平交易委员会享有行政权、“准立法权”和“准司法权”，但“准立法权”只能在立法机关制定的法律范围内行使，对“准司法权”的决定不服的还可以向法院上诉。EU专家指出，欧盟既有统一的中央反垄断主管机构，也有各个成员国单独的反垄断主管机构，最主要的问题是中央反垄断主管机构与成员国反垄断主管机构之间协调的问题。如果反垄断案件是跨州的或者会产生跨州的效应，通常就由中央反垄断主管机构来管辖。