1998年6月18日，国务院办公厅下发《交通部职能配置、内设机构和人员编制规定》。职能：十）管理和指导港口、航运公安工作。内设机构：...，（十）公安局 ：管理和指导港口、航运公安工作。公安 局由交通部、公安部双重领导，业务工作以公安部为主。
1998年5月14日，中华人民共和国公安部颁布的《公安机关办理刑事案件程序规定（修正）》，2003年8月26日第68号公安部令发布《公安机关办理行政案件程序规定》以及2006年8月24日公安部新颁发的《公安机关办理行政案件程序规定》都明确规定了港航公安机关对港口刑事案件和行政案件的管辖权。此外，在2001年10月国务院办公厅转发交通部等部门关于深化中央直属和双重领导港口管理体制改革意见的通知《关于深化中央直属和双重领导港口管理体制改革的意见》第五项规定“在港航公安管理体制全面改革之前，港口公安管理暂维持现状，其所需经费仍由港口企业营业外列支和财政拨付事业费的办法解决。”
二、港口法后的海港公安机关的法律困惑
1、港口法制定颁布的历史背景
改革开放后，一些外资以各种形式陆续介入港口业，原来交通部直属港口一家独大，政企不分封闭的管理体制在很大程度上制约束缚了港口业的发展.随着我国改革开放的深入和社会主义市场经济体制的建立，原有的港口管理体制已不适应发展的要求。一是多年来在主要港口实行的“政企合一”的管理体制，不符合“政企分开”、建立现代企业制度的要求，不利于公正、公平地履行港口行政管理职能，不利于在港口经营中打破垄断、建立公平竞争的市场机制；二是双重领导港口实行的“中央和地方双重领导，以地方政府为主”的管理体制名不符实，实际上，除领导干部任命外，其他如港口规划、建设、业务、资产等仍以中央管理为主，未能充分发挥地方政府建设和管理港口的积极性；三是双重领导的港口既有中央管理的码头企业，也有地方政府管理的码头企业，形成政出多门、政令不统一的局面，影响对港口的统一有序管理。为了适应建立社会主义市场经济体制的需要，促进港口的健康发展，必须对原有的港口管理体制进行改革。从上世纪90年代中期就开始起草的港口法，由于受到各种因素的影响，直至2003年才得以颁布。
2 、港口法的主要内容和法律地位
２００３年６月２８日由中华人民共和国第十届全国人民代表大会常务委员会第三次会议通过的《中华人民共和国港口法》，自２００４年１月１日起施行。 该法共设六章61条，举其要者有以下几个方面不同于过去海港管理暂行条例的亮点：