应当注意的是，TRIPs 协议也不是完美无缺的一个国际条约，甚至在与现存知识产权国际公约相比时，TRIPs 协议在某些方面也存在着明显的缺陷。举例而言，在版权保护方面，尽管TRIPs 协议在总体上为版权保护作了较全面的规定，但对于电影和录音制品保护却缺乏规定。协议在这些领域不但没有要求实行国民待遇，反而实行互惠，这意味着GATT 的成员方必须就共同一致的权利单独地与这类作品的所属国家进行协商。再如，协议对邻接权的保护进行了限制，任何成员方均可在罗马条约许可的范围内对协议14 条第1 - 3款提供的权利规定条件、限制、例外和保留。而且，某些成员方可依据14 条第3 款规定不授予广播组织者以邻接权，因此，协议对邻接权的保护在某种程度上甚至低于罗马条约。另一方面，协议在不少地方的规定是比较模糊的，缺乏应有的预见性和指导性，难免为协议的准确实施增添困难。例如，对于什么是数据编排和资料汇编的创造性，协议并没有能够确定明确具体的标准，人们只能从版权法的原理出发推定创造性是否存在。又如，协议规定注册商标权利人的权利行使不得损害他人的在先权，但由于各国对在先权范围的界定差异较大，协议在此问题上明显采取了回避的态度-不作具体规范而交由各成员方自行制定。因此，什么是国际公认的在先权范围，人们仍然不能从协议中直接找到答案。

　　从两类国家利益协调的角度来看，虽然协议考虑到了发展中国家的特殊情况，在一些条款中作出了对发展中国家和最不发达国家进行适当照顾的规定，但这些条款并没有多少具体解决发展中国家严重经济困难的方案。对于发展中国家而言，这些条款无疑是过于抽象和难以具体落实的。同时，应当指出的是，协议对发展中国家所作的优惠安排仍然是极其有限的。主要体现在实施协议的过渡期安排上有限的优惠待遇，协议对如何促进发达国家向发展中国家转让技术和提供技术援助只字未提。从总体情况看，协议更多重视反映发达国家的愿望和要求，因而协议本质上是更有利于发达国家利益的。对于发展中国家而言，协议将使发展中国家为履行义务付出沉重的代价。发达国家是主要的知识产权所有者，发展中国家则拥有较少可保护的知识产权。在经济水平差距悬殊的情况下，要求发展中国家和发达国家承担同样的保护义务，无疑大大增加了发展中国家在国际竞争中的压力。考虑到发展中国家本来就在技术产品、服务和投资中处于严重的劣势，我们认为，协议在某种程度上是欠公平的。也不利于弥合两类国家经济差距逐渐缩小的国际经济新秩序的要求。

　　从协议的立法导向来看， TRIPs 协议明显倾向于更多保护权利所有人的利益。有学者尖锐地指出，从TRIPs 协议具体条文来看，协议序言所规定的目标并没有得到完全公平的体现，协议过分偏重对知识产权的保护而对知识产权拥有者应尽的社会责任没有能够很好地考虑，对发达国家在国际技术贸易中滥用其技术垄断地位和知识产权，几乎没有作出有效约束，实际上是不利于知识产权的传播和全球社会整体发展的。协议对权利所有人明显的倾向性保护，在TRIPs 协议确立的规则中表现得非常明显。举例而言，为维护公共利益和防止权利滥用而允许未经专利所有人授权而对专利的内容进行强制使用的制度，是许多发展中国家推动专利技术尽快推广应用的一项重要制度。TRIPs 协议虽然承认强制许可制度的合法性，但却设置了强制许可的众多条件，而且这些条件十分苛刻。虽然协议第31 条冠之以“未经权利持有人许可的其他使用”，但综观该条的具体内容，不难发现，与其说是规定了对专利权的限制，不如说是规定了对权利限制的限制，因为整条内容都是关于要求成员方在实施强制许可时应当符合一定的条件。再如，在国际技术贸易和知识产权投资中，发达国家的跨国公司往往利用其自身强大的经济力量和谈判实力以及关键技术独占的特殊地位，滥用知识产权权利，从事种种限制性商业行为，从而限制竞争和谋求不正当暴利，严重损害了技术接受方和东道国当地投资者的利益。协议虽然规定各成员方有权在其国内法中具体规定协议许可的权利滥用的构成条件以及防止或控制权利滥用的行为，但这种抽象的立法方法无疑不利于在全球范围内有效打击权利所有人的反竞争行为，发展中国家希望协议能够同时成为国际技术转让领域的反不正当竞争法典的良好愿望最终落空。换言之，协议没有确立有效控制知识产权权利滥用的国际法规则，也没有有效地维持发展中国家利益和技术受方利益与跨国公司之间利益的平衡。