实际上“科技成果”、“科技论文”都属于非专利保护范畴，即属于技术秘密状态，鉴定“科技成果”没有严格的法律概念，在国际上也没有通行性，即使通过了鉴定明确了法律权利主体，也因为其属于技术秘密没有通过专利保护而不能获得强制性保护，相反在鉴定过程中因技术资料的公开和鉴定人员的故意，往往会造成成果的流失。

　　优先采用鉴定或者发表论文的方式来公布自己的创新技术，存在一定的法律风险。如一项发明创造完成后，首先发表论文，它的内容就无偿地公布于社会，为大家所公用，如果再失去了优先权的保护，再想申请专利也很难；再如采用“科技成果”形式来保护也达不到好的效果。例如一项发明创造，没有知识产权专利法律保护，只要科技成果以各种形式进入市场，别人可以任意仿制。如一项生物技术与成分工艺有关，经过反推工程分析、计算也可以把发明创造的内容基本推导出来进行仿制，而反推工程往往只需研究开发投资的几十分之一，甚至更少。这些非专利保护，不能阻止第三者并非不正当行为作出相同的发明创造申请专利保护，或者公开发明创造的内容，这样对于前者而言，其无形资产就会受到损失。因此，对于技术秘密而言，认为通过了鉴定或者认为有协议或规章制度管理就万事大吉了，是错误的认识。

　　认为已经取得了专利权就视为成果已经获得了保护的认识，也是不全面的，获得了专利权，也会出现各种侵犯专利权的行为，科研院所应当及时对侵犯专利权的行为进行处理但往往是有心无力；还有很多情况，专利法也是不能进行全面有效保护的，如因为专利权公开了专利技术资料内容，别人可以轻易的在此基础上进行再研发创新获取新的专利，通过全新的新的专利涵盖，又比如如果申请了产品发明专利但别人可以在此基础上申请产品生产方法专利产生法律冲突，这都是法律所允许的但科研单位所不能达到申请专利的目的的。因此，申请取得了专利，并不意味着就获得了充分有效的保护，科研院所应当进一步加强专利后管理，如围绕已取得的专利申请保护性的专利，通过进一步的研发保持技术上的优势，通过制度管理和法律机制及时处理侵权专利权行为。

　　实现专利的公开保护和技术诀窍的秘密保护有机地结合起来，即在不断创造中来保护自己，走在同行者前头，这是科研院所发展的根本。

　　4.忽视知识创新工程科研人才管理的新特点，造成科技成果流失。

　　知识创新工程在世界范围内公开招聘研究人员，可以以各种方式进入知识创新工程，目的是培养和造就大批具有创新和创新能力的高素质科技人才，使创新工程科研人员具有了国际性；研究课题制的改革促进了科研人员流动性的加剧；全员聘任制打破了人事铁饭碗，科研人员与科研院所之间形成了较松散的雇佣关系，形成了工作契约性；现代高新技术工程往往是协作的结果，科研人员之间也存在协作性；知识创新成果具有的商品性使科研人员也在某种程度上具有了人力资源商品性等等；知识创新工程所形成的人才管理的新特点造成对知识成果管理的新问题，如在新特点下，在具有国际性、流动性和协作性下常常出现知识产权权属争议；在流动过程中成果非法流动造成成果流失；在契约性和商品性的特点下，没有通过有效的契约和制度管理约定科研人员对知识产权保护的责任和义务，没有细化职务成果与个人成果的区分标准，没有形成违约责任追究制等，致使科研人员因个人利益侵吞知识成果。

　　5.不重视产权制度合理化科研院所对知识创新成果产权往往理所当然的认为其所有权全部属于单位，其成果属于职务成果，往往不重视或者不敢擅自改变成果产权取得方式。但产权制度的合理化是知识创新所导致科学技术进步的关键，因为科研人员是否愿意进行知识创新与创新成果有关，而知识创新成果则很大程度上取决于创新者即科研人员与创新成果权的产权关系。所以产权制度成为激励知识创新的根本制度。知识创新工程也应该根据实际情况和新的特点，根据我国产权制度改革的发展，为了在知识产权保护工作中充分调动广大科研人员的发明创造积极性，应不仅仅采用对科研人员享有署名权并获取转化奖励报酬等简单方式，还可以根据合同法和专利法的规定，通过约定单位与科研人员个人知识产权权属比例，通过股权奖励等各种方式调动其聪明才智，不断进行知识创新，这可以防止科研人员对分配方式的不满意所造成的成果流失，产权合理化改制同时也是对知识产权保护方式的新的探索。