但是，由于在知识产权法律框架的形成初期，人类的创新活动更多的是处于一种无序的、偶发的状态，因此，激励创新者的积极性显得更为重要。知识产权法作为保护智力成果权利人的利益并调节权利人和社会公众利益的天平，一直是倾斜于权利人的，这种立法思维的惯性一直延续至今。近年来，许多国家的立法和一些国际条约都不断加大对有关知识产权的保护力度并提高知识产权保护水平，行政执法和司法审判也更多强调保护知识产权权利人的权益。这种内聚的、垄断的权利体系与开放的、公共的新经济形态的冲突，具体就表现在对社会公众利益与权利人利益的兼顾与平衡上。过分强调保护知识产权权利人的权益，可能为权利人违背公平、滥用权利以至损害公众利益提供法律借口，不利于经济的良性发展。在制度的天平上增加一些社会公众利益的砝码，将是确保知识产权法健康发展的有益举措。

　　其三，发达国家与发展中国家与地区利益的平衡。贸易的前提是存在差距：一个地区资源稀缺，才有向这里输送资源的必要；劳动力便宜，才有在这里建厂的可能。贸易的目的是缩小差距：通过输送资源改善地区的生存条件，通过建立企业拉动地区的经济发展。知识产权法所提供的知识产权许可证贸易机制，在理论上也应该与货物贸易前提和目的一致。当然这首先需要一个共同的前提，即无论是发达国家还是发展中国家都给予知识产权以应有的保护。

　　知识产权法如何平衡发达国家与发展中国家利益的问题，随着世界经济一体化和知识产权保护国际化趋势的增强变得越来越尖锐，发达国家和发展中国家之间分别有各自的利益所在和利益驱动，其经济基础的巨大差异必然导致上层建筑的不同，反映在各国知识产权制度对智力成果所提供的保护水平自然也会有所差别。发达国家在谋求自身利益最大化的过程中应当顾及竞争对手的合理权益，保留发展中国家合理发展的空间，才能逐步缩小二者之间在知识产权保护水平上的差距，进而也缩小经济的差距。发展中国家在这种制度平衡调节中的合理愿望，决不是某些西方学者所谓“难道发达国家欠了发展中国家什么，而一定要作出补偿吗”之类的狭隘观点。

　　其四，技术创新与可持续发展的平衡。科学创新的双刃剑效应人类已有切身感受，在一种创新给人类带来的恩惠大于灾难时，是可以接受的；而与此相反，则这种创新是应该受到遏制的。我们在享受着现代工业的成果，却没有意识到它所积累起来的污染对地球是毁灭性的；我们在品尝着转基因食物的美味，却没有意识到它是对几万年自然形成的生物链的切割，……而这些对生态的灾难性破坏大多是不可逆的。如果指望仅仅利用知识产权制度来减小这种危险肯定是力不从心的，但通过知识产权法来反映人类在发展进程中对可持续发展的关注，还是应该的而且也是可行的。其五，法律规范与道德伦理的平衡。许多学者认为，生物的可专利性会通过遗传多样性的损失而威胁人类，最坏的情况是导致克隆人的专利。尽管迄今为止，没有任何国家的专利局授予与克隆人相关的专利，但已有人为了检验美国专利法，申请了人、非人嵌合体专利。人的克隆是对知识产权法律制度形成挑战的最前沿的新技术。自从苏格兰科学家宣布成功地克隆了羊以来，科学界、法律界和政府都不太清楚下一步该采取什么措施了。科学的探索还有界限吗？法律可以规制一个技术创新的极限吗？1996年以来，美国国会已通过法律，禁止使用财政年度拨款来进行将胚胎置于毁灭的危险之中的非治疗性研究的任何研究，但这种限制仅仅只能及于政府拨款，而事实上在美国，非政府组织支持的克隆人研究已经进行得如火如荼。

　　传统的专利制度并没有明确将伦理的要求作为专利性的条件之一，协调这一矛盾的办法要么是制定不同于任何专利法的新法律来禁止克隆人，要么改变现行的可授予活的生物体以专利的法律。知识产权法律体系面临的许多挑战都来自于生物技术，现行的知识产权法律体系能否适应这种挑战，还在检验之中。