从指引的框架来看，基本上借鉴了巴塞尔委员会《内控框架》和英美等国商业银行内部控制规范性文件的规定，甚至在某些业务领域（如授信业务）还超出了国际上的一般内控要求。从制度完备性角度来说，指引的原则性规定已经形成了我国商业银行内部控制的基本框架，但内控机制并不独立于银行管理体制而存在，而受制于银行业发展水平和银行业诚信水平，同时与配套制度（如内外审计制度、现场检查制度、资信评级制度等）关系极为密切。在这些方面，我国与英美等西方国家的差距最为明显：

　　首先，我国商业银行固有的粗放经营作风，不可能因为指引的颁布而得到根本性改观。尽管国有商业银行近几年在深化改革、转换机制上作出了不懈努力，但其盈利模式并没有根本性改变，效益并没有得到显著提高，最明显的表现是在经历了坏帐剥离阵痛后，银行不良资产率仍居高不下。而内部控制的建立是需要成本的，这一成本一方面表现为内部控制本身所需要的人力、物力等资源成本，另一方面则表现为制止银行高风险或违规经营所致的银行盈利机会减少。如果商业银行固有的传统粗放经营模式不能得到根本性改变，那么内部控制很大程度上将沦为银行经营行为的附属物。尤其在加入WTO后银行同业竞争日趋激烈的情况下，我国主要商业银行原先积聚的不良资产不仅无法消化，而且数额还在不断攀升，当资产流动性锐减、支付危机袭来时，商业银行罔顾内控原则，违规经营或高风险经营的可能性仍然存在。

　　其次，从国外的内部控制结构来看，其内部稽核部门大多属于董事会直接领导，内部稽核负责人与机构或部门负责人（行长、经理）是平行的监督检查关系。如此，内部稽核的委托关系明确，职能明晰，稽核效率高，且不受银行行政管理层的干预，内部稽核的独立性得到了制度性保证。我国的商业银行显然无法实现内部稽核的超然独立性，虽然指引强调“内部控制的监督、评价部门应当独立于内部控制的建设、执行部门，并有直接向董事会、和高级管理层报告的渠道”，但从银行的组织架构看，银行的内部稽核部门一直以来就隶属于各级行长、经理领导，其人事任免、稽核资金、人员配备等都受制于日常管理层，这样的内部控制实际上是自体对自体的监督和控制，在我国基层银行行长经理权力极度膨胀的情况下，基层稽核部门的内部控制无异于形同虚设。震惊全国的中国银行开平支行案件充分暴露了我国商业银行现行稽核制度的软弱无力。[18]

　　再次，内部控制制度缺乏足够的约束力，常常造成有章不循，违规运作的结果。自指引颁布后，我国商业银行的内部控制制度日益完备，制度本身的漏洞已相对减少，关键在执行环节上，制度要求被人为地随意扭曲，以致银行内部控制机制失灵，失去了应有的约束力。以授信控制为例，指引要求商业银行各级机构应当明确规定授信审查人、审批人之间的权限和工作程序，严格按照权限和程序审查、审批业务，不得故意绕开审查、审批人。但实际操作起来，许多银行机构却扭曲了这一程序，许多企业个人贷款，不是先向信贷部门提出申请，然后由信贷员进行必要的信用分析，逐级上报审批；而是直接先找主管领导，再自上而下层层指派，最终再由具体经办人员进行办理。这种逆向操作不仅人为掩盖了借款人的信用风险，而且使银行的正常业务秩序和内部控制程序遭到干扰和破坏，造成有章不循、肆意妄为的不良后果，严重影响了银行业务的安全性和稳健性。