别清算是在普通清算程序发生了显著障碍或存在法定情形的前提下进行的。出于限制清算人的权力，保障债权人利益和社会公共利益的目的，在公司的特别清算程序中法院扮演着非常重要的角色，必须积极主动地对公司的清算活动进行监督管理，使公司清算活动不至于偏离正确的轨道。
启动特别清算程序的决定权
这种决定权的行使有两种方式：一种是依申请决定进入特别清算程序，即当公司清算出现法定事由时法院可以依公司股东、债权人、公司清算人和其他利害关系人的申请决定公司进入特别清算程序；另一种是法院依职权决定公司进入特别清算程序，这种方式不以有关主体提出申请为条件，可以在没有任何人提出申请的前提下，出于保障公共利益的日的，决定公司进入特别清算程序。
中止以清算公司为对象的强制执行程序，一并受理以清算公司为当事人的民事诉讼案件的权力
法院决定公司进入特别清算程序后，为了及时清算公司的财产状况，制止清算人的一切违法纠纷，保障公司全体债权人的利益，有权裁定中止以清算公司为对象的强制执行程序，该裁定的效力同样及于其他法院的执行案件。为了降低清算成本，体现诉讼经济的原则，有利于诉讼案件与公司清算案件的相互衔接，以清算公司为当事人的其他民事诉讼案件也应由其一并处理，以便于公司清算活动的顺利开展。
采取保全措施的权力
财产保全的目的是为了防止财产转移，证据保全的目的则是为了便于查清与公司清算有关的事实。公司进入特别清算原来公司的清算行为很有可能存在问题，基于可能存在违法行为，因此，法院基于利害关系人的申请或者依职权，有权在公司特别清算过程中采取必要的财产保全措施，如查封、扣押、冻结公司财产，禁止记名式股份转让等，当公司因其资产超过负债有不实之嫌而进入特别清算程序时，法院及时采取证据保全措施，如查封、扣押公司资产账簿、财产清单等就显得尤为重要，有助于查明清算公司真实的财务状况。
有关协议的审核权和确认权
由于公司清算协议涉及到债权人侵权的最终实现程度，除了对债权人会议的决议程序要有严格的规定，还应规定清算协议通过后必须得到法院审核认可才能发生法律效力。对于清算协议的内容及条件公平与否，如提供担保的，其担保是否相当等重要问题，法院都需要进行严格的审核并作出认可或否决的裁定。