投入不足，设施与手段落后。由于我国畜禽品种资源保护工作起步较晚，保护体系不健全，保护措施不配套，资金投入严重不足，目前国家重点保护的78个畜禽品种中，有14个品种还没有保种场，近一半以上的保种场经营困难，开展保种选育工作难度很大，部分畜禽品种的优良性状严重退化或丧失。

　　缺乏创新机制。我国畜禽品种资源保护与开发的组织形式单一，多数资源保护场处于被动保种，对畜禽品种的培育和优良遗传基因的开发利用不够，科研工作滞后，造成多数品种保护和利用脱节。大部分地方品种未能得到很好的保护，保种场经济效益差。

　　新驯化动物缺乏规范管理。近年来，为开发野生动物的经济用途，各地新驯养了一些食用动物、毛皮动物、药用动物等种类，如果子狸、紫貂等，对这些驯养动物的资源情况缺乏系统的调查。另一方面，宠物的家庭饲养越来越普遍，种类也越来越多，目前对宠物类动物资源现状缺少了解。此外，对驯养动物和宠物动物传染性疾病的防治还不够重视，许多疾病的传染机理尚不清楚。

　　3、主要目标与任务

　　近期目标与任务(2006～2010年)：开展畜禽遗传资源普查，用2-3年的时间基本查清我国现有畜禽品种(类群)的数量、分布、特性及开发利用状况，并在此基础上出版国家畜禽品种志书，逐步建立、完善畜禽遗传资源数据库和信息网;加强畜禽品种保种场、保护区基础设施建设，对濒危资源实施抢救性保护，对国家级、省级保护品种实施重点保护，国家级保护品种有效保护率要达到100%，对于实施抢救性保护的濒危品种，确保登记品种不再消失;继续加强国家家畜基因库(北京)、家禽基因库(江苏)和水禽基因库(福建)建设，增强保种能力，建立畜禽遗传资源细胞库，开展多种形式保护研究;采取现代生物技术与常规技术相结合的方法，加快新品种培育和推广的步伐，每年培育出3-5个畜禽新品种(配套系)。

　　中期目标与任务(2011～2015年)：根据资源调查结果，建立相应的原产地保护设施或异地保存设施。开展畜禽遗传资源库建设，完善畜禽遗传资源收集、评价及保存技术体系，实现畜禽遗传资源长期、妥善保存;鉴定和筛选一批优异畜禽种质基因，建立畜禽“优异基因核心库”，实现畜禽遗传资源的创新和有效利用。

　　远期目标与任务(2016～2020年)：跟踪世界畜禽遗传资源研究的动向，结合我国实际情况，逐步实现由重点收集、监测到深入评价和利用的转变，进而有针对性地、快速地、连续不断地为生产、育种和其它科研提供一批名、特、优资源及创新材料。研究出学术水平较高、实用价值较大的成果，在优势专业和新型技术等若干领域缩短与世界水平的差距，增强我国动物农业的国际竞争力。

　　4、保护与利用措施

　　继续进行国内外种质资源的考察和收集。至2010年，基本完成对已知畜禽和特种经济动物种质资源的收集入库。考察收集国外新品种和有用品种，在确保国家珍稀资源不流失的前提下，加强国际畜禽种质交换，着重引进利用价值高的品种资源，收集多样性丰富的种质资源和有益基因，并加强检疫研究和完善检疫基地。

　　加强畜禽遗传资源保存体系建设。在原有畜禽种质资源就地保护场的基础上，2020年前，增加30-50个畜禽原生境保护场，保护濒危受威胁的畜禽种质资源，同时完善已建畜禽遗传资源保护场和保护区建设，使更多的地方畜禽优良品种得到保护;继续加强国家家畜基因库、家禽基因库和水禽基因库的建设，建立畜禽遗传资源细胞库和DNA库。

　　建立畜禽遗传资源评价体系和畜禽“优异基因核心库”。采用先进技术，研究我国畜禽动物及其近缘野生种的起源、进化和分类。建立畜禽遗传资源的生产性状、品质性状、抗逆性和形态学评价体系，研究制定畜禽遗传资源评价国家或行业标准，对畜禽遗传资源进行全面、系统的评价。

　　加强特殊与优异基因的筛选和优异种质创新利用体系建设。研究畜禽遗传资源的功能基因组学和比较基因组学，筛选影响畜禽肉、蛋、奶、毛等畜产品产量和品质的主效基因;研究分子数量遗传学和生物信息学，对重要经济性状的主效基因进行分离、克隆、测序和定位，开展优异种质创新和利用研究。在2010年前，完成部分家畜禽种类重要经济性状主效基因的分离和克隆。2020年前，在优异种质创新和利用研究方面取得突破性进展。

　　大力推进畜禽品种资源开发利用，实现产业化开发。根据市场需求，有计划、有步骤、有重点地引进国外优良畜禽品种，同时开发和利用好地方畜禽遗传资源，争取在2015年前，培育出30个用于生产推广的新畜禽品种(配套系)，逐步形成以自我开发为主的育种体系。以名牌品种为依托，通过严格规范和独特的生产加工方式，生产出系列化优质产品，全面带动畜禽遗传资源的开发利用。

　　促进畜禽遗传资源共享服务平台建设。在2010年前，完成制定畜禽遗传资源普查、数据采集和整理的国家标准与技术规范，制定畜禽遗传资源分类分级标准、编码体系;制定畜禽遗传资源数据标准和数据质量管理规范。2015年前，建成以畜禽遗传资源网络数据库系统为基础的共享服务平台。

　　(四)农作物及其野生近缘植物种质资源保护与利用

　　1、现状

　　我国农业历史悠久，据不完全统计，全国有农作物及其野生近缘植物数千种，其中栽培植物约1200种，主要栽培的600多种，其中起源于我国的近300种。我国农作物种质资源数量位居世界前列。

　　过去几十年中，我国农作物种质资源大量丧失或遭到严重破坏。一是由于作物新品种和栽培技术的提高，使大量老品种特别是农家品种遭到淘汰，虽然多数品种资源已得到收集保存，但仍有部分丢失;二是因为土地用途改变、大型水利与交通工程建设、城市扩展等，一些重要作物的野生近缘种生境遭受破坏，面积缩小或消失，如普通野生稻、药用野生稻和疣粒野生稻的栖息地和种群数量比20年前约分别减少了70%、50%和30%;三是在对外合作研究中，因保护意识不强和管理不力，造成农作物种质资源的大量流失。

　　我国自20世纪50年代以来，先后组织了多次农作物种质资源及其野生近缘植物的征集和考察，收集到大量的样本和标本。特别是20世纪80年代以来，国家在农作物种质资源保存设施建设方面加大了投入，已基本形成种质资源保存长期库、中期库和种质圃相配套的保存体系。目前编入全国作物种质资源目录的资源材料约40万份，其中已入国家作物种质库(圃)的为38万多份，涉及1000多个物种。对上述的种质资源已进行了主要农艺性状鉴定，多数或部分进行了主要病虫害、逆境和品质鉴定，对优良种质资源已开展了综合评价和利用研究。

　　我国农业野生植物原生境的就地保护工作起步较晚，从21世纪初才开始实施保护区(点)建设。目前已建成或正在建设的农业野生植物原生境保护区(点)共67个，保护的野生植物有7科、12属、14种，以野生稻、野生大豆和小麦野生近缘植物为主。

　　2、存在的主要问题

　　法律法规执行不力，原生境保护滞后。国家虽已发布了一系列有关农作物种质资源的法律法规，但由于宣传不广泛、守法意识差、执法不力等原因，生物物种资源流失现象严重，急需加强对生物物种资源引进引出的管理。目前农作物种质资源保护工作主要侧重于非原生境保存，而原生境保护直到21世纪初才开始启动。由于原生境保护工作滞后，使许多重要的作物野生近缘植物原生境遭到严重破坏，原生境保护点的建设速度远远落后于破坏速度。

　　本底尚不清楚，种质资源收集不全。农作物种质资源特别是作物野生近缘植物资源的普查缺乏系统性，涉及的种类少、范围小，对全国各类农作物野生近缘植物的种类和种群数量不清楚，有些门类的调查尚属空白，即使是已调查过的物种，因缺乏监测，对其数量、分布区、受威胁程度和原因等尚不清楚。农作物种质资源收集保存量尚不足40万份，还有相当多的种质资源没有完成收集，特别是作物野生近缘植物资源和国外农作物种质资源的收集工作还很薄弱。