研究滞后，基因鉴别能力不足。虽然我国的种质资源丰富，但通过研究筛选出的具有突出利用价值的优异种质很少，能够拥有自主知识产权的功能基因资源更少，这既不能满足作物育种和农业生产的需求，也不能适应日益激烈的国际遗传资源竞争。迫切需要对已保存农作物种质资源的性状基因进行鉴别，发掘对作物育种和农业生产有益的基因。

　　3、主要目标与任务

　　近期目标与任务(2006-2010年)：继续进行农作物种质资源多样性和农业野生植物的濒危状况调查;完成农作物种质资源收集、整理、保存技术规程以及农业野生植物就地保护的技术规范和原生境保护区(点)建设技术标准的编制;继续考察收集农作物种质资源和农业野生植物，对西部地区农作物种质资源进行抢救性考察收集;完善、更新国家长期库、中期库、种质圃的设施和基础条件，增建种质圃7～9个，增建一座热带亚热带牧草中期库，并进行监测和更新保存的种质资源;应用超低温技术和试管苗技术保存特殊类型的种质资源，并研究相关的保存方法和技术;增建50～80个农业野生植物原生境保护区(点);逐步完善管理体系和法律法规以及有关规章制度。

　　中期目标与任务(2011-2015年)：完成农作物种质资源多样性和农业野生植物濒危状况的调查;继续考察收集农作物种质资源，基本完成西部地区农作物种质资源的抢救性考察收集;完善国家长期库、中期库和种质圃的设施和基础条件，增建种质圃3～5个，继续监测已保存种质资源的活力并定期更新;国家长期库和中期库保存种质资源增加到40万份和30万份，国家种质圃保存种质资源增加到4.7万份;增建农业野生植物原生境保护区(点)90～110个，建成超低温保存库和试管苗保存库各1座;管理体系和法律法规基本健全。

　　远期目标与任务(2016-2020年)：保护设施和技术以及保护的资源种类、数量、质量和利用水平等全面跻身世界先进行列;收集、保护、保存、利用和管理达到规范化和信息化;全国长、中期库配套，种质圃达40个，超低温保存库和试管苗库保存设施健全;原生境保护区(点)达到260个;长期保存的种质资源达到45万份;管理体系和法律法规比较健全。

　　4、保护与利用措施

　　继续进行农作物种质资源的收集。我国农作物种质资源收集工作潜力大。我国西部地区是多种作物的起源地和农业野生植物分布中心，抢救那里的农作物种质资源和农业野生植物资源。同时，要加紧国外农业种质资源的收集，满足未来农业可持续发展的需要。

　　建立原生境保护区(点)。加快建立农业野生植物原生境保护区(点)，近期建成50～80个，中期建成90～110个，远期建成90～110个，共计260个，其中在华南和西南地区建立野生稻原生境保护点32个，在西北地区建立小麦野生近缘植物原生境保护区(点)18个，在东北、华北、华中和西北地区建立野生大豆原生境保护点36个，在华中和华东地区建立水生野生蔬菜原生境保护点15个，在西北、华北地区建立栽培牧草近缘野生种原生境保护点50个。在全国范围内建立野生牧草、野生蔬菜、野生果树、野生药材、野生花卉、野生茶、野生桑等原生境保护点99个。在西南地区建立籽粒苋、红花、藜等未被开发利用作物的农场(田)保护区，在华北和西北地区建立荞麦、燕麦、高粱等小宗作物的农场(田)保护区。

　　建立和完善非原生境保护设施。加强国家农作物种质资源长期库及备份库、中期库仪器设备的更新和维护，完善我国农业科学院作物专业所、全国畜禽牧草种质资源保存利用中心和地方科研单位的26座中期库。增建国家作物种质圃10～15个，近期在江苏省(或浙江省)建立1个杨梅种质圃，在河北省廊坊市建立1个无性蔬菜种质圃，在河南省、湖北省和云南省各建立1个野生猕猴桃种质圃;中期在海南省建立1个咖啡和1个香料种质圃，在新疆维吾尔自治区建立1个野生苹果圃，在华南地区分别建立热带果树圃、木薯圃、热带牧草圃、热带棕榈圃、剑麻圃各1个;远期在西南和华南地区各建立1个无性繁殖作物(已保存在圃中的物种除外)种质圃。完善已有的32个种质圃，健全2个试管苗库的配套设备和田间繁殖圃。在北京市建成1座超低温保存库。

　　开展农作物种质资源的更新繁殖、性状鉴定与评价。重点对入库(圃)作物种质资源的优良品质重要性状进行鉴定和评价，加强极端环境条件下的农业野生植物特异性状的鉴定。近期主要针对水稻、小麦、大豆等作物，筛选1500～2000份优异资源;中期扩展到对主要粮食作物、油料作物、蔬菜、果树、花卉、牧草、天然橡胶等，筛选2000～3000份优异资源;远期将基本完成所有作物种质资源的性状鉴定和评价，筛选3000～3500份具有重要经济价值的优异资源，加强对库存资源尤其是优质资源的繁殖利用。

　　开展作物种质资源优异功能基因发掘与克隆。利用现代生物技术重点进行优异基因发掘和功能基因组研究，最大限度地获得我国具有自主知识产权的标记基因，并对重要基因进行分子标记鉴定和克隆，挖掘一批新的优质基因，促进农业野生植物资源的合理利用。定位200个高产、优质、抗病虫、抗旱、抗寒、耐高温、养分高效利用及对环境友好的基因，获得与优异基因紧密连锁的分子标记，克隆出60～80个具有重要应用价值的新基因，为育种提供一批重要的中间材料及分子标记选择技术。

　　建立共享技术平台，进行惠益分享试点。在鉴定评价和功能基因研究的基础上，建立快速、简便、高效的信息和实物共享技术平台，择优向作物育种、农业生产和其他研究机构提供优异种质，充分发挥优异作物种质资源的生产潜力。同时进行农作物种质资源获取与惠益分享制度的研究和试点，对引进和引出农作物种质资源进行规范管理。

　　(五)林木植物资源保护与利用

　　1、现状

　　我国林木植物资源极为丰富，居北半球地区森林资源的首位，拥有187个木本科(含17科藤本)，1200多个木本属，分别占总科数的54.5%和总属数的38%以上;有9000多种木本植物，约占全国所有植物种数的30%，包括乔木3000多种，灌木6000多种，其中珙桐、鹅掌楸、香果树、连香树、水青冈等是我国古老类群的特有珍稀树种，银杏、银杉、水杉、金钱松、白豆杉等是我国特有的珍稀孑遗木本植物。

　　由于人类长期的干扰活动，诸如毁林、过度采伐和非木林产品的开发利用、外来入侵种、林业病虫害、大气污染、气候变化，以及各种灾害的破坏，林木植物资源和遗传多样性丧失非常严峻。目前，我国有17%树种面临濒危。

　　1991年，我国开始全国性林木遗传资源收集与保存，开展了系统的种类遗传多样性的研究与保护。近10年时间内，建成了各具特色的10个林木种质资源(活体)保存库，地跨我国寒温带、温带、亚热带、南亚热带、北热带的林木种质资源库已初具规模，保存了主要树种的大群体、种源(林分)、家系、优树、无性系等，保存乔灌木树种、花卉等76个主要物种种质资源1.5万份。全国林木良种繁育基地保存育种材料种质3.5万余份，初步建立了林木种质资源库的技术体系。

　　2、存在的主要问题

　　林木植物资源不清。许多林木植物资源的本底及遗传变异情况不清，严重制约了林木植物资源的保护与开发利用。由于缺少有效的监测体系以跟踪监测和评价林木植物资源的动态变化状况与发展趋势，导致决策与管理的科学依据不足。

　　资源流失严重。一些发达国家的大型公司或科研单位大量收集我国林木植物资源，并通过生物技术，加强对生物遗传资源的控制和专利垄断。在过去一、二百年间，我国大量树种资源流失国外。总体上看，物种及其基因资源丢失呈上升趋势，尤其是我国西部地区的黄河中上游地段的灌木基因资源和南方热带雨林的基因资源丢失最为严重。

　　管理制度薄弱。我国尚未建立系统的林木植物资源保护和管理的法律法规，现行法规的相关内容也不具体。此外，林木植物种质资源保护的机构、人员、资金、基础设施、科技支撑能力等投入不足。林木植物资源的管理体制也需要进一步完善。