(一)重合作轻安全的观念使然

　　两岸对待食品安全的态度大相径庭。台湾不仅对大陆输入农产品检验要求苛刻，而且对于一旦出现食品安全问题则大做文章。而大陆方面对于台湾输出食品的态度则宽松许多，包括对问题食品的处理也比较低调。为了便于台湾产品进入大陆市场销售，检验检疫部门将采取快速便捷的检验检疫措施，具体包括：加快检验审批，对台湾水果从快办理审批，对台湾到大陆参展的水果由质检总局委托直属检验检疫机构，直接办理检疫审批;快速受理报检，对台湾水果实施全天候预约报检服务;对到港的台湾水果实行随到随检;加快办成速度，经检验检疫合格的，立即签发入境货物通关单，对于发现疫情的，经建议除害处理合格后，马上放行等。又如2007年1到8月间，大陆入境口岸的检验检疫部门从台湾输入大陆的食品中一共检出27批次不合格的货物，并且按照规定做了无害化的退运和销毁的处理，但是大陆有关方面并没有向媒体通报该情况并做大肆宣扬。在泉台农业对接中也存在对于引进品种的安全性与价值性、台商的投资能力与诚信度等考查不足的情况。

　　(二)两地食品安全标准存在差异

　　食品安全归根结底是质量问题，其核心是标准化的建设与实施。令人遗憾的是，我国目前赖以确保食品安全的标准化程度还很低，一方面是标准本身的质量较低，另一方面是有的标准并没有严格执行，反映出法治环境和法制环节的缺陷。标准化生产对于保证农产品质量安全具有重要意义，要从产地环境的质量认证，到抓农业投入、抓生产过程，还有加工包装、销售等，形成一个完整链条管理。我国农业生产的小生产状态制约了农产品标准化的推进，农业生产合作化亟待发展。食品安全相关标准制定滞后和《食品安全基本法》的缺失，正是造成不安全食品危害事件频繁发生的重要诱因。1995年制定的《食品卫生法》中关于征税、审批等问题已跟不上时代发展。这部法律针对的主要是食品的经营和销售阶段，但是很多食品安全问题，出在生产环节上，从目前的状况看，国家需要一部针对包括生产、运输、保存、销售、经营、监督在内的整个食品运作过程的统一的管理标准。

　　台湾农产品标准化工作起步较早，制订的标准水平高，覆盖面广，管理严格。台湾有些农产品还有内销与外销两套标准，不少标准还历经多次修改。因此，两地在质量标准执行过程中，难免出现冲突、差异现象，大陆相对较宽松的标准不利于食品安全风险的防范。