由于建设工程的非法转包和违法分包，许多农民工往往辛苦一年却拿不到工资，农民工讨还工资的难题在建筑业表现得尤为突出。最高人民法院通过司法解释明确：从2005年1月1日起，参与完成工程建设的农民工，如果没有按时拿到工资，可以直接起诉这项工程的发包人。法院也可以同时把工程的分包人列为被告，即实际施工人以发包人为检察院：支持起诉是保障农民工权益的重要方式

　　人民检察院通过打击针对农民工的犯罪、加强民事审判和行政诉讼监督来保障农民工的合法权益。

　　2006年3月24日，最高人民检察院检察长贾春旺在电视电话会议上要求，各级检察机关要依法坚决打击各种侵害农民利益、危害农业生产、影响农村社会稳定的犯罪活动，依法坚决打击坑骗农民工甚至欺诈和残害农民工的犯罪行为，积极为农民提供法律服务，保障农民的合法权益。

　　为支持农民工依法维权，北京市检察机关推出“便民维权二十条”，明确规定：“依法保障城乡贫困人口、农民工、残疾人等社会弱势群体的合法权益，对于侵害弱势群体合法权益的案件在检察环节优先予以处理。”并向社会公开了北京市人民检察院便民维权电话和北京市人民检察院便民维权信箱。

　　支持起诉是人民检察院保障农民工权益的重要方式。2005年6月，四川省金堂县检察院在开展法制宣传时了解到：当地农民工覃伟等13人在机械公司打工时，老板拖欠工资1.8万元，多次追索无望。后来，在检察机关的支持和指导下，覃伟等13名农民工向金堂县法院提起诉讼，机械公司很快就主动支付了拖欠工资。

　　检察机关的“事前功能”也在农民工权益保障中发挥出作用。由沈阳市检察院、沈阳地铁建设指挥部联合成立的沈阳市地铁工程建设项目专项预防工作领导小组曾发出决定，地铁项目推行建设施工单位及人员不良记录禁入建议制度，有行贿受贿记录、恶意拖欠农民工工资等四类行为的建设施工单位，一律被列为“不受欢迎”。对发现问题的，建议地铁指挥部取消其参与工程建设活动的主体资格。

被告主张权利的，人民法院可以追加转包人或者违法分包人为本案当事人，发包人只在欠付工程价款的范围内对实际施工人承担责任。

　　各级法院根据最高法院的规定，采取多种方式加大相关案件的审判和执行，有效地维护了农民工的合法权益。法院还提出应当加大对恶意欠薪的处罚力度，建议在《刑法》中设立“拖欠劳动报酬罪”，以震慑恶意欠薪的用工主体，保护劳动者的权益。