自动离职扣完工资

我弟弟在一家日资汽车配件企业上班，2016年10月26-2016年10月28日因需要参加我的婚礼需要请假，但上级不批假，但我弟弟执意要回去，于是2016年10月26-2016年10月28日一共3天没有出勤上班。公司有规定连续旷工3天属于自动离职行为，当2016年10月31日我弟弟上班后，上级告知他已经旷工三天，已经属于自离，要我弟弟回去，不用上班了。我弟弟回去了，过两天后，公司让我弟弟回去办离职手续，交还厂服，厂牌等物资。但人事课告知他，他自离了，要扣工资的，他一个月的工资加加班费都不够扣，所以他10月份是没有工资的。理由是：“与公司签订的合同要求，正式员工离职需要提前30天申请。否则要赔偿公司的损失费。以200块钱一天的损失计算，没有提前30天通知公司，200乘以30等于6000块。一般我弟弟一个月和加班一起大概4000左右，所以钱还不够扣，所以没有工资拿。”
这是事情的经过，然后我就有了以下疑问：
1.公司的损失怎么计算？为什么要算200一天？
2.自动离职扣钱能扣完员工100%的工资吗？
3.既然员工工资不够扣，为什么只是不发工资而已，而不让员工赔钱补够损失？
4.公司这样的扣款，一般几乎所有员工整月的工资都不够扣，那相当于只要是自动离职，则没有任何工资发放。这样和劳动法冲突吗？
5.都已经划分员工为自动离职了，为什么让员工回来办离职手续？并还物资？