违反了公司制度，在事情未处理前扣发员工工资合理吗？

本人是一家公司部门经理，因受公司以前领导委托（现已不在公司，但和老板是亲戚），私自在公司车间安排加工了几台设备，原材料都是以前领导提供的，利用了现公司的设备和场地被现公司老板知道了，本人已经主动向公司提交了事情前后的经过报告，承认了错误并申请离职，并接受公司的罚款，但公司人事部建议给老板的意思是要开除我并扣除我5月份的全部工资，本人能接受的是开除+罚款，事情现托了一个多月了，5月份工资15号公司其他员工都发放了，我的扣除未发，事情也拖着不处理。因在法律知识上这方面我是法盲，不知道此事是否可以告发公司。请求懂这方面法律知识的专家们帮忙出点意见，不胜感激。