买入厂房（违法建筑）及土地后补办建筑规划许可证申请房屋产权问题

十年前我厂买入厂房及土地使用权，当年已办理土地使用权过户手续，但建筑物是无产权证的未竣工的违法建筑，原出卖人也是拍卖取得，因是违法建筑不能办理过户手续。7年后我厂将建筑物改加建竣工，补办了建筑工程规划许可证合法手续，成为了合法建筑，但在办理房屋初始登记时遇到麻烦，因登记机构要求与原出卖方双方办理房屋所有权转移登记，但我厂疑惑：（1）该违法建筑是在十年前土地使用权转让的同时通过债权交易（交付）取得的，因是违法建筑原出卖方又没有取得房屋所有权（2）且原出卖方单位已改制为新的单位，（3）该建筑规划许可证及土地使用证均为我厂，所以不可能办理出卖方名下的房屋初始登记再转移登记为我厂。故我厂认为该房屋应当由我厂单方直接申请所有权初始登记。请问哪位高手可以指点一下：登记机构要求是否合法？是否有必要起诉登记机构？谢谢！  13806898583@163.com