关于公司单休、没有年休假、过年不发公司，离职赔偿问题。

我在上海闵行一家民营企业做行政（2011.9月底签订合同），合同关于工资是这样描述的“安排在行政专员岗位，月公司2800”今年3月、9月调整了两次，并于9月重新签订新合同。现在为3200/月。
一、现公司存在的问题：
1.单休，每周只休息周日，国庆、清明什么节日的也比别人少一或二天
2.没有年休假，公司就没有这个制度，没有人休过
3.公司过年放假时间为20天，但只有3天有工资
4.社保、公积金未按实际工资缴纳（公司按除过按城镇、农村户口划分统一按相应最低基数缴纳）
二、两个补充说明
1.第一份合同中并没有工资为单休、双休的表述，只是说月工资2800.但公司“员工手册”其中一条明确规定，“双休日加班按日工资的双倍计算”，但现在真实情况是周六加班费就包含在工资里，就是说如果你每周上六天，一个月是那么多钱。其次，公司今年的新合同做了变动，即工资是3200，那么基本工资是2000左右，周六加班费是600多，然后技能工资、岗位工资乱七八糟加一起总额是3200.
2.社保这块，因为我是外地人，知道在上海缴纳不了15年的，所以在今年6.7月份自己写了份申请，以老家已交农村养老的理由（并附农村缴纳养老凭证复印件）让公司不再为我缴纳。（但公积金仍按最低基数在缴纳）
三、我现在持有的材料
1.合同（二份）
2.个人工资条大部分（其中去年工资条里明确显示出勤天数）
3.员工手册
4.工作证
    怎么说了，现在公司内部管理太混乱，干的很郁闷，工作量太大，行政就我一人，后勤、仓储还要负责一部分，还吃力不讨好，觉得很憋屈。（工资真心低也是重要原因）
    综上，我想明白的是
1.如我主动离职，以上有那条是否可认定为公司违规，要求公司赔偿（如不能，这方面可放弃）
2.我是否可要求公司支付一年多来每周六的加班费，年休假费用、过年期间未发工资（社保、公积金准备放弃）
3.现合同版本已更改，上面明确了工资包含周六加班，此项是否合理（是否可以以工资明显降低予以否定），新合同里周六的加班费我能否主张。
    不好意思，让各位看这么多，请大侠们说的详细点，在证据收集、和公司协商、协商不成仲裁、起诉中我应注意什么，请各位别一句“具体来电联系”，麻烦帮我回答一下上面的疑问，如果真的走到那一步，我肯定会请律师的。（因为首先我得明确我能不能主张，都有哪些可以主张）再次谢过，对不起各位，没有分了，只有一份感谢送上。谢谢！