在职建造师与公司劳动纠纷。

本人15年6月入职公司，签三年劳动合同，工资6000元每月，7月注册建造师至该公司，又签订一份挂靠协议（投标），约定建造师证件聘用费用5万/每年，第二年口头说证件补贴改3.5万一年。(15年11月3日注册成功为起算时间15年11月3日~16年11月2日的年度的费用于16年2月支付5万；16年11月3日~17年11月3日年度的费用在17年年初支付3.5万；17年1月3日至18年11月3日年度的费用在17年12月底支付3.5万），而日常投标，中标另有补贴，当时口头说一个金额，协议里面写按公司规定，但公司从来没有明文规定过补贴的事情，都是口头承诺。16年4月，公司要求所有员工重新签订劳动合同，改成一年一年签订劳动合同。17年4月，合同到期，又签订劳动合同一年期。18年4月，因劳动合同关于福利一块内容变更，过于苛刻，本人不同意按该劳动合同签订，公司也未再要求本人签订劳动合同。同时，本人有向公司提出辞职申请，但最终公司没批准，后与公司协商，又继续在公司内上班，至今未签订劳动合同。现在关于证件补贴的协议也已到期。公司将本人证件用于项目上担任项目经理，却又不派我去项目履职。日常我也有去项目检查。现在要提出离职，公司却不肯将本人证件信息从项目上撤销，以此为由卡着本人，让我无法顺利注销证书而离职到其他公司上班。第一，我是否能先提出离职，一个月后自动离职，如果公司不配合本人证件信息撤销，我能否在离职后申请劳动仲裁要求公司赔偿未签订劳动合同期间（18年4月至18年11月）的双倍工资？第二，公司一直卡着本人证件，不退还证件，不撤销证件信息，导致本人无法找工作无法入职新公司。是否可以向公司索赔这段期间的所有损失？第三，公司从未从公司账户为员工发放过工资，前几年是从公司副总个人账户发放员工工资，今年下半年改从副总儿子账户发放公司，这个有何违规？第四，公司个人所得税给我以6000元每月缴纳，但社医保采用最低基数缴交，且无公积金，公积金是近期本人自行缴纳全额，能向劳动部门提出什么要求？第五，公司给我的待遇，包括每个月6000元工资（税前，每月支付），一年一次性证件补贴3.5万，每月去投标，有补贴，差不多2到八九千不等，近期很少。这些费用都是副总个人账户支付，能否作为双倍补偿的月平均工资来算，还是只以劳动合同的6000元计算。