劳动维权

一、合同签订时间：固定期限3年，2016-6-29至2019-6-28.于2019年6月12日辞职。
二、合同权利条款：1、标准工时制，2、甲方根据工作需要，安排乙方加班，将按照《中华人民共和国劳动法》等有关规定给予乙方相应的劳动报酬。3、乙方在合同期内享受国家和公司规定的各项休息、休假权利。4、合同期内，甲乙双方每月按照国家和地方政府规定缴纳社保和公积金。
三、约束条款：
1、乙方愿意遵守甲方乙方制定各项规章制定，包括《员工手册》中列明的各项规定和要求。合同履行过程中甲方依据国家有关规定可制定新规章制度，也可进行修改，以公司公式为准。
2、公司所制定的各项规章制度作为合同附件
离职未提前30天但按要求交接并取得甲方同意
问题：工作期间，公司制定修改未给过正式的通知文件，均以公司默认形式执行。1、2016年-2018年年假开始说1天后面直接没有未有正式文件通知，2019年开始有年假一说，只享受了2天年假；2、因岗位性质 要求平时加班及每周六值班。开始有基本工资做补偿，未按制度2倍执行后直接取消说以其他形式补偿未有明确补偿。3年工作值班约有40余天内；3、离职支付5月工资时执行离职后变更的制度且未通知直接扣押了30%绩效工资未发放且提前预扣了6月份公司及个人全额的社保费用 ，6月有上班。与公司协商未有正面答复。请问公司以上行为是否合法。本人是否能通过劳动仲裁维护个人权利。指纹打卡没有考勤记录但是有微信、系统审单值班记录