应届毕业生 三方由公司保管但公司并未签署，现在想辞职，违约金用交吗？

本人北京院校研究生，今年三月底拿到毕业证。年前找了家公司，公司要求扣押三方、成绩单和推荐表（公司并未签三方，因为签三方需要解决北京户口，公司没有北京户口指标），并且签了一份补充协议，协议规定如果未能和公司签约就要交5000违约金。由于公司加班较多，我想辞职，人力必须要让交违约金才给办理离职手续。有以下几个问题：
1、这份补充协议有效吗？该协议上的疑点：该协议上写着“甲方、乙方及乙方所在院校签署了三方”。而公司实际并未签署。
2、选择一：如果三方不打算要了，离职手续不办强行离开可以吗？有什么后果？
3、另一个选择：等三月底拿到毕业证之后，和这个公司签约（就是试用期了吧），这样是不是辞职就不用交违约金了？公司就不能再想其他方法限制我了吧？
后面这两种选择，哪个效果更好呢？或者有没有其他更好的办法？