房产归属权问题。

16年前我父亲欠人20万，当时我家刚刚买了房子，还没办房产证，手头上只有开发商给我们的房屋移交证书，(证书上是我母亲名字），可是给法院查封了，办不了房产证无法申请贷款还债，我父母亲只好在法院协议上签字同意查封处理该房屋。后来我们就被逼搬出去租房住直到至今，期间房子给查封后的一年我父母亲离婚了。16年后的今天我母亲因去申请经适房被拒绝告之我母亲名下还有一处房产，到房产局查到原档案是我母亲名字，母亲就申请挂失补办新证，可事情发生了，申请期间给别人去异议， 内容是：别人有该房屋房产证，还有法院卖房子给他的收款收据，但直到现在房产局还没给答复我母亲，今年春节前去办的到现在巳经过3个月了，现有几个问题请律师解答下：1 当时给查封时没办房产证只有开发商移交证书，法院可以代办出房产证吗？如果真是法院办的怎么在房产局原档案库里还是我母亲名字？这房产证真假还不知道，如果是真的话法院查封我们移交证不给我们办房产证，而自己或给现在和法院买房的人去办证算不算侵权？法院可以没通知我们就私下做买卖吗？查封时签字只是保留处理协议书并没提及买卖问题，至今我们还有当时原件为证，更何况我们都没收到钱何来买卖离婚前查封买卖应该有我母亲的份吧？（原档案是母亲名字呢），也没见过买房子的人，这算不算私下交易？算暗箱违法操作吧？好比是抢房子一样。请问我母亲拿回房子机率大吗？我们是等房产局答复还是先去法院申请诉讼？去申请诉讼申请那类？民事还是行政？谢谢大家给点建议！！